اجلاس کوچک سران کشورهای اسلامی با وجود موانع و کارشکنی‌ها، سرانجام در موعد مقرر از ۲۷ تا ۳۰ آذر در کوالالامپور پایتخت مالزی برگزار شد. جرقه‌ی نخستین این کنفرانس در حاشیه‌ی گردهمایی رهبران کشورها در مجمع عمومی سازمان ملل متحد زده شد. در دیدار سه رهبر ترکیه، مالزی و پاکستان در حاشیه‌ی دیدارهای سازمان ملل متحد مقرر شد در ماه‌های آینده‌ی نزدیک اجلاسی را در مالزی برگزار کنند و در آن مسائل جهان اسلام از جمله مشکلات اقلیت‌های مسلمان را مورد بحث و بررسی قرار دهند. در این اجلاس قرار بود علاوه بر سه کشور پیشگفته، رئیس جمهور اندونزی و امیر قطر به عنوان اعضای اصلی و ایران نیز به عنوان حضور ناظر حضور داشته باشد. پس از سفر عمران خان به عربستان سعودی و دیدار او با ولی عهد این کشور، خان که یکی از مشوقان اصلی اجلاس بود شخصا از حضور منصرف شد و وزیر خارجه‌ی خود شاه محمود قریشی را به نمایندگی از خود به مالزی فرستاد. پس از آن خبر رسید گویا جوکو ویدودو رئیس اندونزی هم در این اجلاس شرکت نخواهد کرد. گمانه‌زنی‌ها حاکی از آن است که عربستان سعودی چند روز مانده به برگزاری اجلاس موفق شد با ایجاد نخستین شکاف عمران را خان را از شرکت در اجلاس منصرف کند. البته مقامات سعودی با رد این اتهام گفته‌اند هیچ نقشی در انصراف نخست‌وزیر پاکستان نداشته‌اند. با این که مهاتیر محمد طی تماس تلفنی با ملک سلمان به وی اطمینان داد که این اجلاس به هیچ وجه جایگزین سازمان همکاری اسلامی[1] نیست اما وی قانع نشد و تأکید کرد هر فعالیتی باید در چارچوب این سازمان انجام گیرد تا وحدت صفوف مسلمین حفظ شود. 
حقیقت این است که پادشاه سعودی، بحرین و امیر امارات با ابراز نگرانی از مشارکت امیر قطر و مقامات ایران و ترکیه در این اجلاس مدعی شده بودند که آنان در صدد تشکیل سازمان اسلامی دیگری با رویکرد "اخوانی" هستند تا سازمان همکاری اسلامی را تحت الشعاع قرار دهند.
ماهاتیر محمد با اعزام سیف الدین عبد الله و مازلی بن مالک به ترتیب وزیر خارجه‌ و وزیر آموزش و پرورش خود به عربستان، از مقامات سعودی برای شرکت در اجلاس کوالالامپور رسما دعوت کرد. وی همچنین تأکید کرده بود که مالزی تنها از پنج کشور به عنوان اعضای اصلی دعوت کرده است و این کشور به جایگاه سازمان همکاری اسلامی واقف است و نمی‌خواهد سازمان دیگری به موازات آن تأسیس کند. وی تأکید کرده بود سازمان همکاری اسلامی که مقر آن در جده است برای ما بسیار مهم است و مالزی جز نخستین کشورهایی بود که از اهداف این سازمان حمایت کرد و جزء اعضای مؤسس آن است.
ماهاتیر محمد در پاسخ به پرسش احمد منصور خبرنگار الجزیره که چرا مالزی تنها از این پنج کشور دعوت کرده است گفت: این کشورها باثبات‌ترین و قدرتمندترین کشورهای اسلامی هستند و به لحاظ امکانات و علاقمندی به حل مشکلات جهان اسلام پیشقدم هستند و درصد بیشتری از جمعیت مسلمان را در خود جای داده‌اند. البته ما از 20 کشور دیگر هم دعوت کرده‌ایم و به عنوان عضو مهمان حضور خواهند داشت.
وی افزود: بیشترین دغدغه‌ی ما نقض حقوق بشر به ویژه حقوق اقلیت‌های ایغور و روهینگیا در چین و میانمار و مشکلات کشمیر هند و نیز درگیری‌های سوریه و یمن است؛ جهان اسلام بسیار ضعیف عمل می‌کند و تاکنون نتوانسته است جلوی هیچ یک از این خون‌ریزی‌ها و سرکوب‌های خشن را بگیرد. امروز ما در وضعیتی قرار گرفته‌ایم که هر کس می‌تواند ما را به بازی بگیرد حتی به جان هم اندازد.
عربستان سعودی که از تضعیف جایگاه سازمان همکاری اسلامی با محور سعودی احساس خطر می‌کند اعلام کرد اجلاس مالزی مکان مناسبی برای بررسی مشکلات حدود یک میلیارد و هفتصد میلیون مسلمان نیست و در آن شرکت نخواهد کرد. اما واقعیت این است که جایگاه عربستان در سال‌های اخیر به خاطر نقض شدید حقوق بشر و سرکوب آزادی‌ها و حمایت از رژیم‌های خودکامه در سطح منطقه و در میان عرب‌ها و مسلمانان به شدت افول کرده است.

غیبت مصر هم در این اجلاس سؤال‌برانگیز بود؛ مصر یکی از مهم‌ترین کشورهای اسلامی است و در گذشته یکی از طرف‌داران برنامه‌های اقتصادی ماهاتیر محمد بود. ماهاتیر در دو سفری که در زمان مبارک و محمد مرسی به مصر داشت، به گرمی مورد استقبال قرار گرفت و از او به عنوان معمار جدید مالزی نام بردند. تا یک سال پیش نیز رسانه‌های مصر با ابراز شادمانی از بازگشت مهاتیر محمد به قدرت پس از 15 سال، از جهان عرب خواسته بودند از تجارب جدید مالزی الگوبرداری کنند. اما این روزها در یک چرخش کامل به خاطر عدم دعوت از مقامات مصر و عربستان برای شرکت در اجلاس مالزی، رسانه‌های این کشور تبلیغات مسمومی را بر ضد این اجلاس به راه انداختند و از آن به عنوان محور تروریسم و "قبله‌ی اخوان" یاد کردند که در صدد ضربه زدن به جایگاه سازمان همکاری اسلامی است. واقعیت این است که مصر پس از کودتای نظامیان و سرکوب و خفقان شدید آزادی‌خواهان و دگراندیشان در سطح عربی و اسلامی با چالش جدی روبرو است.
مهم‌ترین اهداف اجلاس
به طور خلاصه مهم‌ترین مسائلی که در این اجلاس چهار روزه مورد بحث و بررسی قرار گرفت عبارتند از:
- تلاش برای ایجاد ارز جایگزین به جای دلار در مناسبات تجاری میان مسلمانان.
- انتقاد از عملکرد ضعیف سازمان همکاری اسلامی در قبال مشکلات جهان اسلام.
- انتقاد از اعطای حق وتو به پنج قدرت برتر در سازمان ملل.
- بحث و بررسی مشکلات اقلیت‌های مسلمان از جمله بازداشت مسلمانان در اردوگاه‌های اجباری در چین، نسل‌کشی در میانمار، جنگ‌های کشمیر و تصویب قانون جدید شهروندی در هند با رویکرد تبعیض مذهبی.
- انتقاد از اعمال تحریم‌های یک‌جانبه بر ضد قطر و ایران.
گفتنی است که هیأتی از اتحادیه‌ جهانی علمای مسلمانان به ریاست دکتر علی قره داغی دبیرکل اتحادیه نیز در این اجلاس شرکت کردند. دکتر قره داغی شخصا و به نیابت از دکتر احمد ریسونی رئیس اتحادیه که به خاطر برنامه‌ی از پیش تعیین شده معذور بود در این اجلاس شرکت کرد. دکتر قره داغی دو مطلب را در اجلاس ارائه کرد:
نخست: برنامه‌ی راهبردی توسعه‌ی اقتصادی.
دوم: ارز جایگزین دلار و مکانیزم‌های آن

[1] سازمان همکاری اسلامی (OIC)، دومین سازمان بین دولتی پس از سازمان ملل متحد است که  ۵۷ کشور از چهار قاره از آن عضویت دارند. این سازمان صدای جهان اسلام در راستای حفاظت و حمایت از منافع جهان اسلام و گسترش صلح جهانی و هماهنگی میان افراد مختلف جهان است. این سازمان بر اساس تصمیم اجلاس تاریخی ۲۵ سپتامبر ۱۹۶۹ که به دعوت پادشاه مراکش در رباط برگزار شده بود تأسیس شد و به عنوان یک نتیجه از آتش‌سوزی جنایی مسجد الاقصی در اشغال بیت‌المقدس تأسیس شد.
نام این سازمان از زمان تأسیس در سال ۱۹۶۹ تا سال ۲۰۱۱ سازمان کنفرانس اسلامی بود سپس به "سازمان همکاری اسلامی" تغییر یافت.
نشست سران هر ۳ سال یک بار و در پایتخت یکی از کشورهای اسلامی عضو برگزار می‌شود. کشورهایی که این کنفرانس را برگزار می‌کنند به مدت سه سال ریاست آن را بر عهده می‌گیرند.
چهاردهمین اجلاس سران کشورهای اسلامی موسوم به «اجلاس مکه: دست به دست بسوی آینده» در ۳۱ مه ۲۰۱۹ برگزار شد.
۵۷ کشور عضو سازمان کنفرانس اسلامی هستند و در حال حاضر ایاد بن امین مدنی دبیرکلّ آن است.
منشور یا قانون اساسی سازمان کنفرانس اسلامی طبق ماده ۱۰۲ منشور سازمان ملل متحد در تاریخ ۱ فوریه ۱۹۷۴ به ثبت رسید. مواد این سند شامل ۱۴ بند است.
در سال ۱۹۷۰ نشست اولین کنفرانس اسلامی وزیران امور خارجه سازمان همکاری اسلامی در جده برگزار شد و مقرر گردید دبیرخانه‌ی دائمی آن در شهر جده باشد.